Pyrenula macrospora prospera en la corteza de los árboles en ambientes tropicales y subtropicales. Esta especie es parte de un grupo que se especializa en descomponer las capas exteriores de los árboles, contribuyendo al ciclo de nutrientes en los ecosistemas forestales. Se reconoce por sus cuerpos fructíferos más oscuros que se mezclan bien con las superficies de la corteza que habita.
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